La Cattedrale di Santa Maria si trova nel cuore del centro storico. I lavori per la sua costruzione si resero necessari a partire dal 1503 quando Alghero divenne sede episcopale. Diversi gli stili che la contraddistinguono a partire dal gotico-catalano delle cappelle, dal rinascimentale per passare al neoclassico ben visibile nella facciata che si trova in Piazza Duomo. Dal suo campanile, uno dei simboli della città, si può ammirare il
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Situata nella parte finale di via Cavour davanti alla torre di San Giacomo si trova la chiesa del Carmelo, con il caratteristico ingresso e il campanile a vela. È stata costruita nel secolo XVII insieme al convento dei carmelitani adesso trasformato in abitazioni civili. Al suo interno si trova la statua dedicata a Nostra Senyora dels Desemparats (Madonna dei Derelitti) portata ad Alghero nel 1963 da una delegazione di València.
La chiesa della Misericordia eretta nel secolo XVII dalla Confraternita della Misericordia si trova nella parte più alta della via Principe Umberto, anticamente Carrer de Bonaire (Via Bonaria) perché considerato il luogo più salubre della città. La chiesa custodisce il prezioso Sancristus, statua -simbolo della Settimana Santa, periodo durante il quale il credo religioso popolare culmina nella sentita partecipazione di tutta la comunità alle tradizionali processioni.
Nella centrale via Carlo Alberto, da tutti gli algheresi conosciuta come corso, è situata la chiesa di San Francesco le origini della quale risalgono al XIV secolo. Parzialmente ricostruita dopo un crollo, unisce forme tipiche del gotico catalano e dello stile rinascimentale italiano. Incantevole il Chiostro e il campanile.
San Michele è la chiesa dei Gesuiti, presenti in città dal 1584. Esistente già nel secolo XV, è stata ricostruita nella seconda metà del ‘600, grazie alla generosità del militare algherese Geroni Ferret. Oggi è la chiesa dedicata al patrono di Alghero, San Michele che si celebra il 29 di settembre. È visibile da lontano per la sua caratteristica cupola policroma, una dei simboli della città.